这三种类型的证书在使用场景和存储格式上有所不同：

PEM (Privacy Enhanced Mail):

PEM 格式通常使用 Base64 编码的 ASCII 文本表示，可以包含证书、私钥或者证书链。

PEM 格式的证书文件通常以 .pem 或者 .crt 为扩展名。

PEM 格式的证书可以包含公钥、私钥以及证书链，常用于各种服务器软件中，如 Apache 和 Nginx。

PFX (Personal Information Exchange):

PFX 格式是一种二进制格式，用于存储加密的私钥、公钥以及证书链。

PFX 文件通常以 .pfx 或者 .p12 为扩展名。

PFX 格式的证书经常用于在 Windows 系统中进行证书的导入和导出，同时也用于在各种应用程序中安全地存储私钥和证书。

CER (Certificate):

CER 格式通常用于存储公钥证书，不包括私钥。

CER 文件通常以 .cer 或者 .der 为扩展名。

CER 格式的证书常用于用于客户端验证服务器的身份，或者用于在服务器之间进行相互认证。

这些格式在实际应用中有不同的用途和需求，选择使用哪种格式取决于具体的场景和系统要求。特别说明一下，在这三种证书格式中，只有 PFX 格式的证书可以包含密码保护。PEM 和 CER 格式的证书不支持直接设置密码。当你需要一个密码保护的证书时，通常会选择 PFX 格式，因为 PFX 格式的证书可以包含私钥，并且可以设置密码来保护私钥。这使得 PFX 格式的证书在需要将证书导入到其他系统或应用程序时更加安全。

在大多数情况下，Linux 系统可以支持 PFX 格式的证书。PFX 格式的证书通常包含加密的私钥、公钥和证书链，并且可以通过密码进行保护。在 Linux 上，通常可以使用 OpenSSL 工具来处理 PFX 格式的证书。你可以使用 OpenSSL 工具来将 PFX 格式的证书转换为 PEM 格式，这样就可以在 Linux 系统上使用了。这可以通过以下命令完成：

openssl pkcs12 -in yourfile.pfx -out yourfile.pem -nodes

这将提取 PFX 文件中的私钥和证书，并将其保存为 PEM 格式的文件，其中 -nodes 选项表示不加密私钥。一旦转换为 PEM 格式，你就可以在 Linux 系统上使用这些证书，比如在配置 Web 服务器等地方。