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姜黄素通过结合其C1结构域来抑制PKCα活性

青云研究社 145

前言:

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前言:

姜黄素是一种多酚营养保健品,作用于多种生物靶标,包括蛋白激酶 C (PKC)。PKC是细胞内信号转导的核心丝氨酸-苏氨酸激酶家族。

我们发现姜黄素选择性地调节CHO-K1细胞中的PKCα而不是PKCε。为了了解这种选择性的机制并阐明负责姜黄素结合和调节的PKCα结构域的可能作用,制作了几种交换PKCα和PKCε的C1和C2结构域的嵌合蛋白,并研究了姜黄素在HEK293细胞中的调节抑制作用。

域交换突变体的构建

采用pEGFP-N1载体中的野生型PKCα(αWT)和PKCε(εWT)通过PCR重组方法构建<>个结构域交换突变体。

野生型和突变体的结构域结构如图1.突变体被设计为α/εC2,其中αC2被εC2取代,α/εC1,其中αC1被εC1取代,ε/αC2,ε/αC1B,其中εC1B被αC1B取代。突变体中的正确序列通过DNA测序得到证实。

细胞培养

将人胚胎肾293(HEK293)细胞在补充有胎牛血清(FBS)和抗生素(青霉素和链霉素)的DMEM培养基中培养。将细胞在补充有37%CO的5°C的潮湿气氛中孵育2.HEK293细胞使用脂质®胺LTX和Plus转染野生型和突变质粒™试剂根据制造商的建议。

为了检查蛋白质表达,将转染的细胞在裂解缓冲液中裂解,然后进行细胞裂解物(40-80μg)进行蛋白质印迹分析。

抗GFP抗体(1:1000稀释液)和抗β-肌动蛋白抗体(1:5000稀释液)(Cell Signaling,Danvers,MA)用于免疫印迹中的蛋白质检测。

细胞分离

转染的细胞用不同浓度的TPA和姜黄素处理,如相关图所示。如前所述进行细胞分级分离和蛋白质印迹分析(36)。

简而言之,在含有磷酸盐蛋白抑制剂(Cell Signaling,Danvers,MA)的细胞分级分离缓冲液(20mM Tris-HCl,pH 7.4)中收获细胞,并通过将细胞通过26G针头10次来裂解。

通过在3500°C下以10rpm离心4分钟除去细胞核和未裂解的细胞。 将上清液在40°C下以000,1rpm离心4小时,以从细胞质中分离出膜沉淀。

该上清液是胞质提取物。将膜沉淀在含有1%Triton-X-100的细胞分级缓冲液中孵育过夜,并通过短暂超声处理均质化。这种超声处理的溶液是膜提取物。对胞质和膜提取物(20–40 μg)进行SDS-PAGE和免疫印迹分析。

用抗GFP抗体和抗β-肌动蛋白抗体探测印迹。使用增强型化学发光试剂(Thermo Fisher Scientific,Grand Island,NY)可视化蛋白质条带,并使用Alpha Imager Gel Document系统进行定量。

共聚焦显微镜

如前所述进行了共聚焦显微镜研究(36)。转染的细胞在玻璃盖玻片(VWR,亚特兰大,GA)上处理或用TPA(10μM)和姜黄素(25μM)共同处理1小时。将细胞固定在4%多聚甲醛中20分钟。

盖玻片安装在含有DAPI的防褪色安装介质中。使用徕卡SP8共聚焦显微镜收集图像。使用ImageJ软件对共聚焦图像中野生型和突变体蛋白的亚细胞分布进行定量。

蛋白质纯化

pET1d载体(Novagen,Madison,CA)中的αC1A和αC28B结构域用于蛋白质表达(37,38)。表达的蛋白质在N末端含有6-He标签。重组质粒转化为BL21金(DE3)细胞。用IPTG(5mM)以0.7的光密度(OD)诱导蛋白质表达,然后让细胞在18°C下生长过夜。

将表达αC1A和αC1B的细胞分别重悬于裂解缓冲液A(50mM Tris-HCl,pH 8.0,150mM NaCl,50mM尿素,10mM咪唑)和裂解缓冲液B(50mM Tris-HCl,pH 8.0,150mM NaCl,10mM咪唑)中。

通过超声处理(2分钟,30%振幅,3s开启和3s关闭周期)裂解细胞,并通过在15°C下以000,15g离心4分钟获得可溶性蛋白质。

将提取的裂解物与Ni-NTA结合的琼脂糖珠孵育1小时,然后用相应的裂解缓冲液洗涤以除去未结合的蛋白质。结合的蛋白质在含有300 mM咪唑的裂解缓冲液中洗脱。

使用凝胶过滤缓冲液(75 mM Tris-HCl,pH 10.300,50 mM NaCl)在尺寸排阻柱(Sephadex 8 0/300 GL,GE生命科学,加利福尼亚州麦迪逊)上将洗脱的蛋白质级分合并、浓缩并进一步纯化。蛋白质的纯度通过SDS-PAGE(15%)和考马斯蓝染色测定。

荧光测量

使用配备温度和搅拌控制系统的PTI LPS 220B荧光计进行荧光测量。对于本征荧光测量,缓冲液(1 mM Tris,50 mM NaCl,pH 150. 7)中的蛋白质(2μM)在290 nm处激发,并记录300 nm至500 nm的发射光谱。

对于结合测定,在不同浓度的蛋白质(5-1μM)和TPA(5-1μM)存在下测量姜黄素(10μM)的发射光谱。在每次测量前,将缓冲液(50mM Tris,150mM NaCl,pH 7.2)中的样品混合物在室温下孵育30分钟。

姜黄素在425 nm处激发,发射光谱记录在440 nm至700 nm。最大值(Em.max)的发射光谱由使用IGOR Pro(WaveMatrix,Lake Oswego,OR)的高斯函数拟合确定。

结构预测和验证

PKCα (Uniprot:P17252)蛋白质序列用于使用Robetta蛋白质结构预测服务器()(3,39)预测40D结构。该服务器根据可用的结构和从头预测方法预测模型。

使用PDB代码分别为1E1、2ELI、2GPE和73IW2的模板生成PKCα的C3A、C3B、C4和激酶结构域的同源模型。使用SAVS服务器验证了总体质量因素,例如共价键距离,键角,立体化学验证,原子命名法和不同原子类型之间的非键相互作用。

分子对接

姜黄素使用Sybyl X 1.1停靠在PKCαC2A和PKCαC1B结构域中。PKCα的模型(在上一节中描述)用于蛋白质结构,并使用ChemBioDraw 12.0生成姜黄素结构。对于对接模拟,Sybyl通过选择3Å半径内的特定残基,为配体的对接空间创建了原摩尔。

使用PKCδC1B(的同源佛波酯结合残基在C1结构域的两个环之间定义配体结合口袋41,42)。阈值0.5和Bloat 4.0用于创建原型。生成原型后,使用Sybyl的Surflexdock Geom模块进行了对接模拟。

分子动力学模拟

在游离PKCα、C1A上含有姜黄素的PKCα、C1B上含有姜黄素的PKCα、C1A和C1B上含有姜黄素的PKCα和C4B上的PKCα含姜黄素的6个模拟系统上进行了分子动力学(MD)模拟。对于MD仿真,选择了显示最高对接分数的构象。

MD仿真是使用GROMACS 5.43.99程序包(44)和Amber45sb力场(3)进行的。姜黄素(CUR)的拓扑和坐标文件由琥珀色工具中的前室程序生成,并使用ACPYPE(46)转换为GROMACS格式。

这些模型由箱距为1.0 nm的TIP48P水分子(973)溶剂化,并通过添加四个Na反离子进行中和。对于游离蛋白质,使用5000,200个水分子来溶剂化系统。使用最陡的下降方法完成能量最小化,300步,以消除在求解系统时产生的空间位阻冲突。

能量最小化后,通过位置约束MD模拟将最小化系统平衡1 ps,以保持系统的温度和压力并松弛溶剂。平衡分两个阶段进行。第一阶段进行了 47 K 的 NVT 优化,第二阶段进行了 300 bar 的 NPT 优化。平衡后,MD生产运行使用Berendsen耦合方法(1)在所有系统中以1 K和0 bar进行,持续48.2 ns。

键长受LINCS算法(49)的约束,允许时间步长为1 fs。粒子网格Ewald(PME)方法(10)用于计算静电相互作用。范德华、静电和库仑相互作用以12 nm截止值计算。为了进行分析,在MD模拟期间,原子坐标每5s保存一次。

采用GROMACS分析工具分析了1个系统的MD轨迹,包括g_energy和g_rms。这些图表由QtGrace绘制。轨迹和结构使用PyMol v7.4(Schrodinger,LLC)和Discovery Studio Visualizer 5.<>(Biovia Inc.)可视化。

突变体在HEK293细胞中的表达

为了检查结构域交换对蛋白质表达水平的影响,通过免疫印迹分析(无花果。2).εWT的表达水平比αWT高2倍。然而,与野生型(αWT和εWT)相比,α/εC1、α/εC2、ε/αC1、ε/αC2、ε/αC1A和ε/αC1B的表达显著降低。

C50结构域交换突变体(α/εC1和ε/αC1)的蛋白表达降低(~1%)。ε/αC1A和ε/αC1B的表达水平与ε/αC1突变体相似。总之,PKCα和PKCε中的C1和C2结构域交换影响了HEK 293细胞的蛋白表达,但所有突变体的表达水平都足以进行膜易位测定。

姜黄素对HEK293细胞中PKCα和PKCε的结构域交换突变体的影响

为了研究姜黄素对突变蛋白的影响,我们测量了在存在和不存在姜黄素单独用姜黄素(25μM)处理对细胞质和膜中野生型和突变蛋白的分布没有任何影响,因为姜黄素处理和对照细胞的细胞质和膜中的蛋白质水平相似。

然而,αWT和εWT在用低至100nM TPA处理后从细胞质转移到膜上,因为我们检测到膜中的大部分蛋白质。这一结果与我们之前在CHO-K1细胞中的报道一致(36)。同样,突变体α/εC1和ε/αC1也在TPA处理后转移到膜上,但与野生型蛋白相比浓度要高得多。

这种浓度的TPA早期被几个PKC研究小组使用(50-52)。此外,在该剂量下,我们没有观察到αWT和εWT的任何超激活依赖性降解(图)。S1)。当姜黄素与TPA共处理时,与单独用TPA处理的细胞相比,膜中αWT的水平显着降低(~50%)。

然而,对于εWT,对于TPA或TPA加姜黄素共处理的细胞,膜中的蛋白质水平相似。相比之下,与单独用TPA处理的细胞相比,TPA和姜黄素的共同处理显着降低了(~40%)TPA诱导的ε / αC1膜易位。

另一方面,当与TPA和姜黄素共同处理时,α/εC1没有显示出TPA诱导的膜易位的任何减少。此外,TPA和姜黄素协同处理对α/εC2和ε/αC2突变体没有任何影响,因为细胞质和膜中的蛋白质水平与对照细胞相似。

综上所述,这些结果表明αC1结构域负责姜黄素对TPA诱导的PKCα和C2结构域交换突变体膜易位的抑制作用,这些突变体对TPA或TPA加姜黄素协同处理不敏感。

姜黄素对TPA诱导的ε/αC1A和ε/αC1B突变体膜易位的影响

PKC的C1域由C1A和C1B子域组成。为了确定姜黄素在αC1结构域中的作用位点并了解αC1A和αC1B亚结构域的作用,我们构建了ε/αC1A和ε/αC1B突变体,其中PKCε的C1A和C1B分别被PKCα的C1A和C1B取代,并使用共聚焦显微镜研究了它们对姜黄素和TPA的易位,如上一节所述(无花果。4一).

姜黄素处理对ε/αC1A和ε/αC1B没有任何影响,因为大多数蛋白质定位于细胞质状对照细胞。但是,ε / αC1A和ε / αC1B突变蛋白定位于TPA处理细胞中的膜。

然而,与TPA处理的细胞相比,用姜黄素和TPA共同处理的细胞在膜中ε / αC30A和ε / αC40B的含量显着减少(1-1%)。这些结果通过细胞分级分离和免疫印迹分析(无花果。4乙).

在该实验中,用不同浓度的TPA(0-10μM)处理细胞,并用姜黄素(25μM)和TPA共同处理1小时。测定细胞质中ε/αC1A和ε/αC1B的含量。TPA处理以剂量依赖性方式降低胞质ε/αC1A和ε/αC1B。

然而,与TPA处理的细胞相比,共处理细胞中细胞质中ε / αC1A和ε / αC1B的含量显着更高。因此,使用共聚焦显微镜和蛋白质印迹分析,我们得出结论,αC1A和αC1B亚域都参与姜黄素的抑制作用。

分子对接和分子动力学模拟

为了从结构角度了解姜黄素在PKCα中的作用位点,将姜黄素对接在全长PKCα结构的C1A和C1B中。以PKC II(PDB代码:3PFQ)为模板的PKCα的简单同源模型无法生成,因为PKC®®II的几个区域在结构中未被解析。

为了了解姜黄素结合的模式,我们将姜黄素对接到C1A和C1B亚域中,然后在1.1 ns内对四个无系统的PKCα、C1A上的姜黄素PKCα、C1B上的姜黄素PKCα和C1B上的姜黄素PKCα和姜黄素进行MD模拟。

对接结果表明,姜黄素与C0A残基形成1个氢键,在C10B中与裂隙残基形成1个氢键,C5A和C0B对接得分分别为5.14和1.1。使用这些 Surflex-Dock 分数估计的 KdC1A和C1B的值分别计算为8.523μM和7.56μM。

势能图显示,在1.0 ns MD模拟过程中,50个分子体系快速稳定并保持稳定,有或没有姜黄素对接的势能相似,并且与C1结构域的类型无关。

C1B上不含配体的PKCα和含姜黄素的PKCα在400 ps时构象变化最大,但C1A上姜黄素PKCα和C1A和C1B上姜黄素PKCα的RMSD值在400 ps后稳定增加。

然而,在1 ns时,与其他三种结构相比,与其他三种结构相比,与姜黄素对接在C1B上的PKCα表现出最低的RMSD。三种结构的 RMSD 值变化如图6B.

结论:

我们实验观察到姜黄素对PKCα活性的抑制作用可能是由于其通过与C2结构域或C1结构域结合而干扰PKCα与膜的结合。

姜黄素抑制佛波酯诱导的PKCε突变体膜易位,其中εC1结构域被αC1取代,但αC1被εC1结构域取代的PKCα突变体没有,结果表明αC1是姜黄素作用的决定因素。

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