刚刚下载好的生物信息软件，命名已经安装成功了，直接运行却为何依然提示“command not found”。这个问题困扰了很多人，这些都是PATH变量造成的。由于Linux命令行没有图形化界面，因此，所有的设置都采用文本的方式来完成，而其中最重要的用户设置则为bashrc文件，bashrc配置文件非常重要，相当于图形化界面的设置选项。很多时候，命令找不到，缺少XXX，都可能与这个有关。

bashrc

bashrc：为每一个运行bash shell的用户执行此文件。当bash shell被打开时，该文件被读取，其中rc是“run configure”的简写。
在每个用户的home目录下，我们使用ls -a命令，就会看到以bash开始开头的四个隐藏文件。

$ ll -a .bash*
-rw-------. 1 meta bio 25K Nov 19 20:51 .bash_history
-rw-r--r--. 1 meta bio 18 Nov 9 2019 .bash_logout
-rw-r--r--. 1 meta bio 141 Nov 9 2019 .bash_profile
-rw-r--r--. 1 meta bio 1.7K Sep 9 14:30 .bashrc
PATH变量简介

PATH变量是Linux系统默认程序路径，当在命令行敲命令时，系统会从PATH变量中设定的目录中查找程序，which命令搜索时也会从PATH变量中进行搜索。Linux系统中常见的软件找不到“command not found…”多是因为PAHT变量没有设置成功引起的。PATH变量可以极大的方便软件的使用，无需使用全路径，在任何目录下直接使用软件名即可运行，否则需要一直使用全路径。

#显示当前默认软件路径
echo $PATH
which bwa

windows系统下也有PATH变量。

如何修改PATH变量

PATH变量中会包含多个软件路径，当在命令行输入命令时，例如ls，软件会自动按顺序从PATH变量的路径下开始寻找同名的软件，如果找到直接运行；如果找不到，则到下一个目录查找，以此类推。当所有目录下都找不到的时候，则提示“command not found…”。修改PATH变量一定要小心，需要提前备份一份，如果设置错误，可以重新恢复。

#首先备份一下
cp ~/.bashrc ~/.bashrc.bak
#打开vim修改
vim ~/.bashrc
#将路径添加到PATH变量中，可以在一行中添加，也可以新建一行
export PATH="$PATH:./:/usr/bin:/ifs1/Software/bin/:$PATH"
#刷新设置
source ~/.bashrc
创建程序快捷方式

知道了如何添加PAHT变量之后，就可以将生物软件的安装目录直接添加到PATH变量中，但是生物软件的路径很多，不能将每一个软件安装目录都添加到PATH变量中，这样并不是高效的做法。比较好的方案是，在系统中创建一个biosoft目录，一个bin目录，（bin代表binary，表示二进制可执行程序），软件安装在biosoft目录，只将每个软件可执行程序链接到bin目录下即可，最后将这个bin目录全路径添加到PATH变量中。后面每次安装新程序只需将软件链接到bin目录下即可。这个过程相当于windows系统的创建桌面快捷方式。

#创建软件安装目录与快捷方式目录
mkdir ~/biosoft ~/bin
#将bin目录添加到.bashrc文件的PATH变量中
export PATH="$PATH:~/bin/:$PATH"
#将可执行程序链接到bin目录中
ln -s biosoft/ont-guppy-cpu/bin/guppy_basecaller ~/bin
ln -s biosoft/ont-guppy-cpu/bin/guppy_barcoder ~/bin
ln -s biosoft/ont-guppy-cpu/bin/guppy_aligner ~/bin
#自动补齐运行guppy_basecaller
guppy_basecaller