上期给大家讲解了：DMol3-水分子团簇的相互作用及表面静电势

今天讲解：用分子力学研究Na+在石墨烯表面的吸附，及有机分子的退火算法

1.Import-Examples-Documents-3D Model中找到Graphene.xsd后导入。超晶胞至合适大小，以下设置为了10x5x1

2.盒子中添加Na+，调整合适位置(顶位、桥位、穴位)

3.Forcite-Geometry Opimization，精度设为medium，力场为COMPASS，电荷选择Forcefield assigned。其余保持默认即可。分别计算出Graphene、Na+、 Graphene-Na+的能量

4.计算出吸附能，比较不同位置吸附能的大小。

顶位：选择其中一个碳原子，尽量在石墨烯各原子中间，将钠离子移动到这个碳原子正上方1埃左右。点击Modify-Contraints-Fix Cartesian poition，只固定x,y坐标，不勾选z坐标 桥位、穴位操作方法类似

接着打开Status.txt，其中的Total enthalpy就是体系能量。

接下来是有机分子的退火算法

建立C10H22 模型，

然后用AC模块构建无定型模型。用20个分子，0.73g/cm3的密度建立。如下：

其他设置如下

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有主意了