A

AAA（active analogue approach）活性类似物法

药效基团识别的方法之一。在各活性类似物中提取共同活性体积。

ab initio methods 从头计算法

分子三维结构理论计算方法中QM方法的一个分支，不借助于任何经验参数求解薛定谔方程。

absorption phase 吸收阶段

这段时间内血浆中药物浓度随时间增加而上升。

active site 活性位点

agonist 受体激动剂

启动了受体的生物学功能，主要是一些内源性物质，也有一些外源性物质。

antagonist 受体拮抗剂

与受体结合后阻碍了内源性物质与受体集合，从而导致生物作用的抑制。

antibody 抗体

antigen 抗原

B

bonded interaction 键合作用

包括键的伸缩、弯曲、扭转。

力场总能量=键合作用+非键作用（non-bonded interaction)

C

CADD(computer-aided drug design)计算机辅助药物设计

candidate 备选药物

临床Ⅰ期实验之前的药物。

charge transfer interaction 电荷转移作用

一种（不太重要的）分子间作用力。电子从供体分子的最高占据分子轨道(higest occupied molecular,HOMO)转移到靶点分子的最低空缺分子轨道（lowest unoccupied molecular,LUMO)。

chelation 螯合作用

一种（不太重要的）分子间作用力。

compound 化合物

computational screening 虚拟筛选

convalent bond共价键

（valent 化合价）

D

de novo drug design 全新药物设计

属于直接药物设计。

developability 成药性

是对药物或候选药物属性的要求，决定了候选药物是否能够转化为临床应用药物。

DFT（density function theory)密度泛函方法

QM方法的一个分支，与ab initio methods不同的是，它的基本量不是波函数而是电子密度。

dipole-dipole interaction 偶极-偶极

一种静电作用。

druggability 可成药性

靶点/靶点所属类型已有代表性治疗药物上市。这对靶点提出了以下要求：

1.靶点所在的信号通路在疾病过程中发挥关键作用。

2.靶点在信号通路中有关键性作用。

3.药物作用于靶点的获益超过风险。

p.s. 这是靶点的性质，注意与developability区分。

drug-likeness 类药性

对理想化药物结构的要求，是结构特征和理化性质在体内的综合反映。

E

electrostatic interaction 静电作用

一种分子间作用力。课中提到的静电作用主要有离子键（ionic bonding）和偶极-偶极（dipole-dipole interaction)

elimination phase 消除相

低于这个浓度药物没有效果

energy minimization 能量优化

为了确定分子低能构象（优势构象），需要求解分子势能面上的极小值。不过能量优化常常会陷入局部极小而很难求出全局最小。

enzyme 酶

F

force filed method 分子立场方法

与MM方法相关。

fragment-based drug design 基于片段的药物设计

free energy of hydration 水合能

frontier molecular orbitals 前线轨道

包括HOMO和LUMO。

G

grid 网格

全新药物设计流程中，活性位点分析的一种方法。用一个box将活性位点包含进去，然后将活性位点分割成若干大小相同的小格子。

grid point 格点

grid spacing 边长

H

HA（hydrogen bond acceptor）氢键受体

HD（hydrogen bond donor）氢键供体

HOMO(highest occupied molecular) 最高占据分子轨道

hydration 水合作用

hydrophobic bond 疏水键

一种分子间作用力，两个不溶于水的分子之间的一种相互作用。

hydrophilicity 亲水性

hydrophobicity 疏水性

hydrogen bond 氢键

一种分子间作用力。

hypothesis driven 假设驱动

现代药物发现的起点通常为假设的疾病靶点。

I

interaction force 相互作用力

特指分子间作用力。

ion channel 离子通道

ionic bonding 离子键

一种静电作用

K

kinetophore 药动基团

化合物分子中影响ADME特征和药动学性质的结构部分或官能团。

L

lead-likeness 类先导性

是对先导化合物结构的要求。

ligand 配体

logP 疏水常数

LUMO(lowest unoccupied molecular)最低空缺分子轨道

M

Maximum safe concentration 最大安全浓度

超过这个浓度就会有危险。

molecular docking 分子对接

用来预测哪些药物分子可以与活性位点相结合。

molecular dynamics simulation 分子动力学模拟方法

分子动力学是在分子力学的基础上描述分子运动随时间演化的方法。

MM(molecular mechanics)分子力学

分子三维结构的理论计算方法分为传统的MM方法和更精确的QM方法，主要区别为是否考虑核外电子的运动轨迹。

molecular recognition 分子识别

N

non-bonded interaction 非键作用

包括静电作用和范德华作用等。

O

observation driven 观察驱动

经典药物发现以观察到的现象为驱动力，又称为表型筛选（phenotype，单词源于phenomina）。

off-target 脱靶

药物与同药效无关的靶点/其他组织的同一靶点发生作用。脱靶效应是副作用的来源。

P

PAINS（pan-assay interference compounds)假阳性问题

有一些干扰化合物可以与超过1/3的蛋白质发生作用。

peptide 多肽

pharmaco 药学

pharmacokinetics 药代动力学，简称pk。

pharmacophore element 药效基团单元

通常由点定义，若干的点构成平面或空间。药效基团是药效基团单元的集合。

pharmacophore modeling 药效基团模型法

间接药物设计的一种，基于配体的药效基团模型。最后一步为药效基团识别，方法有分子叠合和活性类似物法等。

phenotype 表型筛选

PKa 离解常数

反映分子的离解性。PKa越大，离子态比例越小。

polar surface area(PSA)极性表面积

分子中极性原子表面的总和，PSA越大，分子越难以过膜。

polysaccharide 多糖

post absorption phase 后吸收阶段

这段时间内血浆中药物浓度随时间增加而下降。

probe atom 探针原子

探针原子在格点之间游走从而计算能量。

property-based drug design（PBDD）基于性质的药物设计

是一种优化，针对先导化合物或候选药物的结构进行药代动力学性质的设计和优化，以达到良好的ADME/T性质。

protein 蛋白质

Q

QM(quantum mechanics) 量子力学

QSAR（quantitative structure activity relationships）定量构效关系

描述活性与分子或片段性质之间的关系，包括2D-QSAR和3D-QSAR，其中3D-QSAR又分为CoMFA和CoMSIA。基于定量构效关系的药物设计是间接药物设计的一种。

R

receptor 配体

配体与受体的相互作用有两大理论——锁钥原理和诱导契合理论，相互作用的过程成为分子识别，有可逆（分子间作用力）和不可逆（共价键）之分，而分子间作用力又可以分为静电作用，氢键相互作用和疏水作用。

Ro5（Rule of five）五倍率

又称为Lipinski规则，可用于判断理想化药物是否有良好类药性。

rotatable bonds（RB）可旋转键

与非末端的非氢原子连接的非环单键。

S

SBDD(structure-based drug design) 基于结构的药物设计

药物设计方式的一种，分为直接药物设计（direct drug design）或基于受体三维结构的设计（receptor SBDD）和间接药物设计（indirect drug design)或基于配体三维结构的设计（ligand SBDD / LBDD）。

Schrodinger Equation 薛定谔方程

波函数描写粒子的运动状态，薛定谔方程确定波函数的运动规律。

semiempirical methods 半经验计算法

QM的一个分支，采用了经验参数，速度快，精度差。

SPR（stucture-pharmacokinetics relationship) 构动关系

化合物的结构特征和理化性质与其ADME特征和药动学性质之间的关系。又称为结构-性质关系（SPR,structure-property relationship)。

T

target 靶点

药物发挥药效，须与机体内具有特定功能的生物大分子结合，这种生物大分子就是靶点。

therapeutic window治疗窗口

介于maximum safe concentration 和 elimination phase 之间的浓度，药物有效而有没有危险。

tPSA 拓扑极性表面积

根据分子结构计算获得的极性表面积。

V

VDW（Van der waals Force) 范德华力

主要的分子间作用力。

-----补充：hit lead candidate drug的区别

HIT：药物作用靶点，一般药物研发的第一个阶段就是找到机体内，影响某一疾病发生发展的关键靶点，然后给予该靶点的三维结构，设计出可能的治疗药物（先导化合物）。

LEAD：就是先导化合物，一般结构较为简单，简单的说就是最终想得到的DRUG的结构删减版。在LEAD的结构基础上，可以设计出多种不同的CANDIDATE。

CANDIDATE：就是候选药物，一般是在LEAD的基础上，加以结构修饰，可以后的一系列的CANDIDATE，与LEAD相比较，药效学及药动学性质的到了改善。

DRUG：狭义上说就是我们平时，临床上所用的药物。一般是由多种CANDIDATE，通过成本，药效药动学性质，安全性等加以比较，选择出的最适合用于临床的药物，一种DRUG可以有多种不同的剂型。需要提醒一点，广义上的DRUG指的是能够产生某一生物学效应的化合物，所以笼统的说，LEAD和CANDIDATE都可以归并入DRUG