GROMACS是⼀个⽤于分⼦动⼒学模拟和能量最⼩化的计算引擎。

科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动⼒学现象的研究越来越依赖于计算机。由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推⼴的研究⼿段。分⼦动⼒学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，⽽且还发挥着预见性作⽤。其在⽣物、医药、材料、化学等学科领域均有⼴泛应⽤。

在分⼦动⼒学的模拟研究中，⼀款开源、⾃由、免费的软件GROMACS得到了⼴泛的应⽤。它可以⽤于⼏百万个粒⼦体系的分⼦动⼒学模拟研究，特别是⽣物体系，⽐如磷脂双分⼦层⽣物膜、蛋⽩质、药物分⼦等。另外，GROMACS能够⾮常快速地计算⾮键作⽤，因此也可⽤于⾮⽣物体系，如聚合物、⼀些有机物、⽆机物等。GROMACS有很多功能和优点，因此被研究者⼴泛学习和应⽤。

GROMACS的功能与优点

（1）开源、⾃由、免费使⽤。

（2）⽹上资料丰富，包括从软件的下载，安装到使⽤。

（3） ⽴场较全⾯，适⽤性⼴，可操作性强。⽐如针对⽣物体系中的磷脂分⼦，氨基酸，离⼦，⽔等均有相应的⽴场。此外根据实验结果，也可以添加相应分⼦的⽴场参数。

（4） 操作简便，⼤⼤降低了模拟的难度。⽐如GROMACS⽆需脚本⽂件，有很多命令和输⼊⽂件，只需要设置相应的参数，即可通过简单的命令⾏来实现，不需要花⼼思编程或使⽤⼀些分析软件进⾏分析的难题。当出现错误时，会提⽰错误信息，且⽹站上有相关的解决办法。

（5）可以计算较⼤体系，并且运⾏速度快，计算时间灵活⾃由。GROMACS⽤标准MPI进⾏并⾏计算和分析，计算速度快，体系可以达到数百万粒⼦。GROMACS还可以选择GPU加速处理，使运算速度更快。并且GROMACS的算法精妙，在结束计算之后还可以延长时间继续进⾏计算。

（6）对输出⽂件采⽤了损耗压缩技术进⾏存储，便于⽂件的传输。

（7）输⼊输出⽂件容易获得。⽐如磷脂双分⼦层膜，蛋⽩质的构型⽂件可以在⽹站上直接⽣成或者下载，蛋⽩质的拓扑⽂件可以直接通过GROMACS⾃动⽣成。参数设置的⽂件⽹站均有提供，只需改变参数即可。

（8）随着不断的更新，GROMACS不断有新的版本出现，功能、算法、精度、计算速度均有所改善，但是输⼊⽂件和轨迹⽂件与硬件⽆关，所以可以被不同版本的GROMACS读取。

此外，GROMACS主页上有相关安装包的下载链接，有软件的相关说明⽂件，还可以在搜索栏搜索你想知道的，包括安装和使⽤过程中报错。