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CHARMM力场的势函数

玄学小道 25

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与OPLS-AA力场相比,CHARMM力场外加了一种Urey-Bradley相互作用势,以弥补键角弯曲势的不足,

式中,s和So分别为1一3原子间的实际距离和参考距离;kUB为Urey-Bradley力常数。此外,CHARMM力场中还包括一项贋扭曲势,

在CHARMM力场的非键相互作用部分,势函数形式也与OPLS-AA完全一致,但分子内的1—4静电相互作用和vanderWaals相互作用全部计算,排除规则不适用;氢键相互作用也被隐含在静电相互作用和vanderWaals相互作用之中,不采用显式氢键势函数项。

2.CHARMM力场势参数的发展

在CHARMM力场的发展过程中,CHARMM19、CHARMM22和CHARMM27这三个版本的力场使用范围最广、影响最大。1992年版的CHARMM19是一个联合原子力场,与碳原子成键的氢原子全部隐含在碳原子的力场参数中,不显式出现。在1998年版的CHARMM22中,虽然所有的势函数形式被保留了下来,但隐式的氢原子全部被显式的氢原子替代,力场参数被全部重新优化,使CHARMM22演变为一个全原子力场口络血。

当用CHARMM22模拟DNA分子时,发现A型DNA分子太稳定,无法实现A型和B型DNA之间的平衡。另外,用与CHARMM22力场关系密切的AMBER96力场模拟DNA分子中的糖皱褶和螺旋值时,也与实际不符。修正后的力场分别为AMBER98和CHARMM27。在CHARMM27r力场中,主链中酰基的二面角扭曲势参数被修正,但用CHARMM27r力场模拟脂质的液相双层结构时,因表面张力太大而引起双层结构的收缩,形成凝胶相。CHARMM27r力场的第二个缺陷是模拟结果无法重现实验测量的氛有序参数Scd。在CHARMM27r力场的修正版CHARMM36中,与脂质分子有关的力场参数全部被重新优化。

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