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Mars Remote API轻松分布式执行Python函数

阿里云云栖号 133

前言:

目前小伙伴们对“pythonremote”大体比较注意,兄弟们都想要分析一些“pythonremote”的相关资讯。那么小编也在网摘上网罗了一些有关“pythonremote””的相关知识,希望看官们能喜欢,朋友们快快来学习一下吧!

Mars 是一个并行和分布式 Python 框架,能轻松把单机大家耳熟能详的的 numpy、pandas、scikit-learn 等库,以及 Python 函数利用多核或者多机加速。这其中,并行和分布式 Python 函数主要利用 Mars Remote API。

启动 Mars 分布式环境可以参考:

命令行方式在集群中部署。Kubernetes 中部署。MaxCompute 开箱即用的环境,购买了 MaxCompute 服务的可以直接使用。如何使用 Mars Remote API

使用 Mars Remote API 非常简单,只需要对原有的代码做少许改动,就可以分布式执行。

采用蒙特卡洛方法计算 π 为例。代码如下,我们编写了两个函数,calc_chunk 用来计算每个分片内落在圆内的点的个数,calc_pi 用来把多个分片 calc_chunk 计算的结果汇总最后得出 π 值。

from typing import Listimport numpy as npdef calc_chunk(n: int, i: int):    # 计算n个随机点(x和y轴落在-1到1之间)到原点距离小于1的点的个数    rs = np.random.RandomState(i)    a = rs.uniform(-1, 1, size=(n, 2))    d = np.linalg.norm(a, axis=1)    return (d < 1).sum()def calc_pi(fs: List[int], N: int):    # 将若干次 calc_chunk 计算的结果汇总,计算 pi 的值    return sum(fs) * 4 / NN = 200_000_000n = 10_000_000fs = [calc_chunk(n, i)      for i in range(N // n)]pi = calc_pi(fs, N)print(pi)

%%time 下可以看到结果:

3.1416312CPU times: user 9.47 s, sys: 2.62 s, total: 12.1 sWall time: 12.3 s

在单机需要 12.3 s。

要让这个计算使用 Mars Remote API 并行起来,我们不需要对函数做任何改动,需要变动的仅仅是最后部分。

import mars.remote as mr# 函数调用改成 mars.remote.spawnfs = [mr.spawn(calc_chunk, args=(n, i))      for i in range(N // n)]# 把 spawn 的列表传入作为参数,再 spawn 新的函数pi = mr.spawn(calc_pi, args=(fs, N))# 通过 execute() 触发执行,fetch() 获取结果print(pi.execute().fetch())

%%time 下看到结果:

3.1416312CPU times: user 29.6 ms, sys: 4.23 ms, total: 33.8 msWall time: 2.85 s

结果一模一样,但是却有数倍的性能提升。

可以看到,对已有的 Python 代码,Mars remote API 几乎不需要做多少改动,就能有效并行和分布式来加速执行过程。

一个例子

为了让读者理解 Mars Remote API 的作用,我们从另一个例子开始。现在我们有一个数据集,我们希望对它们做一个分类任务。要做分类,我们有很多算法和库可以选择,这里我们用 RandomForest、LogisticRegression,以及 XGBoost。

困难的地方是,除了有多个模型选择,这些模型也会包含多个超参,那哪个超参效果最好呢?对于调参不那么有经验的同学,跑过了才知道。所以,我们希望能生成一堆可选的超参,然后把他们都跑一遍,看看效果。

准备数据

这个例子里我们使用 otto 数据集。

首先,我们准备数据。读取数据后,我们按 2:1 的比例把数据分成训练集和测试集。

import pandas as pdfrom sklearn.preprocessing import LabelEncoderfrom sklearn.model_selection import train_test_splitdef gen_data():    df = pd.read_csv('otto/train.csv')        X = df.drop(['target', 'id'], axis=1)    y = df['target']        label_encoder = LabelEncoder()    label_encoder.fit(y)    y = label_encoder.transform(y)        return train_test_split(X, y, test_size=0.33, random_state=123)X_train, X_test, y_train, y_test = gen_data()

模型

接着,我们使用 scikit-learn 的 RandomForest 和 LogisticRegression 来处理分类。

RandomForest:

from sklearn.ensemble import RandomForestClassifierdef random_forest(X_train: pd.DataFrame,                   y_train: pd.Series,                   verbose: bool = False,                  **kw):    model = RandomForestClassifier(verbose=verbose, **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

接着,我们生成供 RandomForest 使用的超参,我们用 yield 的方式来迭代返回。

def gen_random_forest_parameters():    for n_estimators in [50, 100, 600]:        for max_depth in [None, 3, 15]:            for criterion in ['gini', 'entropy']:                yield {                    'n_estimators': n_estimators,                    'max_depth': max_depth,                    'criterion': criterion                }

LogisticRegression 也是这个过程。我们先定义模型。

from sklearn.linear_model import LogisticRegressiondef logistic_regression(X_train: pd.DataFrame,                        y_train: pd.Series,                        verbose: bool = False,                        **kw):    model = LogisticRegression(verbose=verbose, **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

接着生成供 LogisticRegression 使用的超参。

def gen_lr_parameters():    for penalty in ['l2', 'none']:        for tol in [0.1, 0.01, 1e-4]:            yield {                'penalty': penalty,                'tol': tol            }

XGBoost 也是一样,我们用 XGBClassifier 来执行分类任务。

from xgboost import XGBClassifierdef xgb(X_train: pd.DataFrame,        y_train: pd.Series,        verbose: bool = False,        **kw):    model = XGBClassifier(verbosity=int(verbose), **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

生成一系列超参。

def gen_xgb_parameters():    for n_estimators in [100, 600]:        for criterion in ['gini', 'entropy']:            for learning_rate in [0.001, 0.1, 0.5]:                yield {                    'n_estimators': n_estimators,                    'criterion': criterion,                    'learning_rate': learning_rate                }

验证

接着我们编写验证逻辑,这里我们使用 log_loss 来作为评价函数。

from sklearn.metrics import log_lossdef metric_model(model,                  X_test: pd.DataFrame,                 y_test: pd.Series) -> float:    if isinstance(model, bytes):        model = pickle.loads(model)    y_pred = model.predict_proba(X_test)    return log_loss(y_test, y_pred)def train_and_metric(train_func,                     train_params: dict,                     X_train: pd.DataFrame,                      y_train: pd.Series,                      X_test: pd.DataFrame,                      y_test: pd.Series,                     verbose: bool = False                     ):    # 把训练和验证封装到一起    model = train_func(X_train, y_train, verbose=verbose, **train_params)    metric = metric_model(model, X_test, y_test)    return model, metric
找出最好的模型

做好准备工作后,我们就开始来跑模型了。针对每个模型,我们把每次生成的超参们送进去训练,除了这些超参,我们还把 n_jobs 设成 -1,这样能更好利用单机的多核。

results = []# -------------# Random Forest# -------------for params in gen_random_forest_parameters():    print(f'calculating on {params}')    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    # use all CPU cores    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(random_forest, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})    # -------------------# Logistic Regression# -------------------for params in gen_lr_parameters():    print(f'calculating on {params}')    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    # use all CPU cores    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(logistic_regression, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})    # -------# XGBoost# -------    for params in gen_xgb_parameters():    print(f'calculating on {params}')    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    # use all CPU cores    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(xgb, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})

运行一下,需要相当长时间,我们省略掉一部分输出内容。

calculating on {'n_estimators': 50, 'max_depth': None, 'criterion': 'gini'}metric: 0.6964123781828575calculating on {'n_estimators': 50, 'max_depth': None, 'criterion': 'entropy'}metric: 0.6912312790832288# 省略其他模型的输出结果CPU times: user 3h 41min 53s, sys: 2min 34s, total: 3h 44min 28sWall time: 31min 44s

从 CPU 时间和 Wall 时间,能看出来这些训练还是充分利用了多核的性能。但整个过程还是花费了 31 分钟。

使用 Remote API 分布式加速

现在我们尝试使用 Remote API 通过分布式方式加速整个过程。

集群方面,我们使用最开始说的第三种方式,直接在 MaxCompute 上拉起一个集群。大家可以选择其他方式,效果是一样的。

n_cores = 8mem = 2 * n_cores  # 16G# o 是 MaxCompute 入口,这里创建 10 个 worker 的集群,每个 worker 8核16Gcluster = o.create_mars_cluster(10, n_cores, mem, image='extended')

为了方便在分布式读取数据,我们对数据处理稍作改动,把数据上传到 MaxCompute 资源。对于其他环境,用户可以考虑 HDFS、Aliyun OSS 或者 Amazon S3 等存储。

if not o.exist_resource('otto_train.csv'):    with open('otto/train.csv') as f:        # 上传资源        o.create_resource('otto_train.csv', 'file', fileobj=f)        def gen_data():    # 改成从资源读取    df = pd.read_csv(o.open_resource('otto_train.csv'))        X = df.drop(['target', 'id'], axis=1)    y = df['target']        label_encoder = LabelEncoder()    label_encoder.fit(y)    y = label_encoder.transform(y)        return train_test_split(X, y, test_size=0.33, random_state=123)

稍作改动之后,我们使用 mars.remote.spawn 方法来让 gen_data 调度到集群上运行。

import mars.remote as mr# n_output 说明是 4 输出# execute() 执行后,数据会读取到 Mars 集群内部data = mr.ExecutableTuple(mr.spawn(gen_data, n_output=4)).execute()# remote_ 开头的都是 Mars 对象,这时候数据在集群内,这些对象只是引用remote_X_train, remote_X_test, remote_y_train, remote_y_test = data

目前 Mars 能正确序列化 numpy ndarray、pandas DataFrame 等,还不能序列化模型,所以,我们要对 train_and_metric 稍作改动,把模型 pickle 了之后再返回。

def distributed_train_and_metric(train_func,                                 train_params: dict,                                 X_train: pd.DataFrame,                                  y_train: pd.Series,                                  X_test: pd.DataFrame,                                  y_test: pd.Series,                                 verbose: bool = False                                 ):    model, metric = train_and_metric(train_func, train_params,                                     X_train, y_train,                                      X_test, y_test, verbose=verbose)    return pickle.dumps(model), metric

后续 Mars 支持了序列化模型后可以直接 spawn 原本的函数。

接着我们就对前面的执行过程稍作改动,把函数调用全部都用 mars.remote.spawn 来改写。

import numpy as nptasks = []models = []metrics = []# -------------# Random Forest# -------------for params in gen_random_forest_parameters():    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(random_forest, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    # 把模型和评价分别存储    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])        # -------------------# Logistic Regression# -------------------for params in gen_lr_parameters():    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(logistic_regression, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    # 把模型和评价分别存储    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])# -------# XGBoost# -------    for params in gen_xgb_parameters():    # fixed random_state    params['random_state'] = 123    # 再指定并发为核的个数    params['n_jobs'] = n_cores    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(xgb, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    # 把模型和评价分别存储    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])# 把顺序打乱,目的是能分散到 worker 上平均一点shuffled_tasks = np.random.permutation(tasks)_ = mr.ExecutableTuple(shuffled_tasks).execute()

可以看到代码几乎一致。

运行查看结果:

CPU times: user 69.1 ms, sys: 10.9 ms, total: 80 msWall time: 1min 59s

时间一下子从 31 分钟多来到了 2 分钟,提升 15x+。但代码修改的代价可以忽略不计。

细心的读者可能注意到了,分布式运行的代码中,我们把模型的 verbose 给打开了,在分布式环境下,因为这些函数远程执行,打印的内容只会输出到 worker 的标准输出流,我们在客户端不会看到打印的结果,但 Mars 提供了一个非常有用的接口来让我们查看每个模型运行时的输出。

以第0个模型为例,我们可以在 Mars 对象上直接调用 fetch_log 方法。

print(models[0].fetch_log())

输出我们简略一部分。

building tree 1 of 50building tree 2 of 50building tree 3 of 50building tree 4 of 50building tree 5 of 50building tree 6 of 50# 中间省略building tree 49 of 50building tree 50 of 50

要看哪个模型都可以通过这种方式。试想下,如果没有 fetch_log API,你确想看中间过程的输出有多麻烦。首先这个函数在哪个 worker 上执行,不得而知;然后,即便知道是哪个 worker,因为每个 worker 上可能有多个函数执行,这些输出就可能混杂在一起,甚至被庞大日志淹没了。fetch_log 接口让用户不需要关心在哪个 worker 上执行,也不用担心日志混合在一起。

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