gromacs基本文件-结构文件

PDB文件分子坐标文件（.pdb）：主要是用来描述蛋白结构信息的文件，当然你可以用其他软件画出一个其他分子结构然后保存成为pdb格式，这个玩意本质上是蛋白的，但是现在也被用在其他类型的分子上面。

GRO文件分子坐标文件（.gro）：gromacs独有的文件格式，其他软件用不了，这个也是gromacs软件生成结构的默认格式。

以上两种是很重要的，后期单独详细讲解。

G96文件：分子坐标文件（.g96）。GROMOS96程序的分子坐标文件，模拟程序以C语言格式写入，精度较高，但是会比较大。包含有文件头，时间步，原子坐标，原子速度，以及盒子信息等。

在gromacs中输入结构文件格式：gro g96 pdb brk ent esp tpr

gromacs基本文件-拓扑文件

TOP文件模拟系统的拓扑文件（.top）。分子拓扑文件，包含所有的力场参数。由程序 pdb2gmx 生成。pdb2gmx 程序将肽或者蛋白质的结构文件(.pdb) 转换为分子拓扑文件(.top)。这个拓扑文件包含了在肽或者蛋白质中所有交互作用的完整信息，主要有这些内容：包含的力场，键相互作用参数，非键相互作用参数，限制性参数，定义一些名称等。

ITP文件分子拓扑文件（.itp）。被主拓扑文件（.top）包含的分拓扑文件，一般包含某个特定分子的类型。于主拓扑文件区别有它不引用其他力场文件，同时包含[system]，[molecule]等拓扑字节。

上面两个很重要，处理力场时需要写入，后续单独讲，TOP与itp的关系是家与儿子的关系，家里可以包含多个儿子，处理时要保障不能重复，因为你不能所有儿子都叫同一个名字。

RTP文件残基拓扑文件（.rtp）。该文件包含常见残基的力场信息，包括残基所含原子，成键种类等。使用pdb2gmx处理PDB文件时，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中寻找对应的残基力场信息。这个玩意不建议去修改，放在数据库就好了，后期用的时间长了，验证新的力场没有太多问题的时候，你可以把新的力场参数写如进去，这样不容易出现问题，如果不会写，签完别写，不然数据库就乱。

N2T文件：原子名称及类型对照文件（.n2t）。x2top程序可以按照原子名称得到该原子的原子类型力场参数，N2T就是x2top程序扫描的数据库，文件很小。文件中文本行有原子名称，原子类型，原子电量，原子质量，该原子与其他原子成键距离等。

NDX文件原子索引文件（.ndx）。该文件含原子的序号，当使用make_ndx程序生成索引文件时，可以定义不同的原子组，每组名下即是该组所含各个原子的序号。这个玩意很重要，经常需要提前设置出来，因为很多时候需要要考虑不同组的影响，以及后续分析轨迹时也要分析组。

gromacs基本文件-参数文件

MDP文件GROMACS的模拟参数文件（.mdp）。该文件包含关于分子动力学模拟的全部信息。例如，时间步长，步数，温度，压力等等。操作这样一个文件最容易的方法是修改一个简单的 .mdp 例子文件。这是使用GROMACS进行分子动力学模拟最重要的文件。使用这个文件，最好是自己多存一大堆，后续的时候好复制粘贴拿过来用，不要自己手写，这玩意经常写的东西多，但是前后修改的东西少。

gromacs基本文件-运行输入文件

TPR文件最终一步分子动力学模拟的输入文件Run input file (.tpr)，二进制。内容包含模拟的初始结构，分子拓扑，和所有的模拟参数。利用Grompp程序连接分子结构文件(.gro)、拓扑文件(.top)、分子动力学参数文件(.mdp)和索引文件(.ndx)(可选)，即生成该文件。这个文件包含了开始使用 Gromacs 进行模拟的所有信息。这个文件就是一个大容器，把所有反应信息给到gromacs，然后通过电脑进行计算，这个如果没法生成，就没法后续的工作，当然你生成了，也不一定能计算。在这个生成的过程中，出现了warning，千万不要跟个傻子一样听从XX的，直接+maxwarn XX，否则你会死的很难看的噢。

CPT文件：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（.trr）中找到。如果模拟因为外界条件中断，可以使用该文件重新在断点处开始模拟，以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始，并延长模拟计算（见tpbconv）。经常有人喜欢删除这个文件，吃饱了撑得没事干，一般计算会出现2个.cpt文件，千万不要删，后续你可能要续跑，原因有可能断电了，需要重新跑，也有可能跑的时间太短，需要加长时间。续跑的时候再具体聊细节。

gromacs基本文件-输出轨迹文件

TRR文件Trajectory file (.trr)，二进制，轨道文件(.trr)，一旦运行时输入参数文件(.tpr)可以使用了，我们就可以模拟了。开始运行模拟的程序是 mdrun。当开始运行 mdrun 时，你经常需要的唯一输入文件就是运行输入参数文件(.tpr)。mdrun 的输出文件是轨道文件和一个日志文件(.log)。它包含所有的坐标、速度、力和能量信息，就如在(.mdp)文件中指出的一样。

XTC文件模拟轨迹单精度文件（.xtc）。单精度轨迹文件，文件较TRR和TRJ小，为常用分析文件。包含模拟系统中原子坐标，模拟时间，和模拟盒子信息。

TRJ文件：全精度轨迹文件（.trj）。该文件包含模拟系统模拟各个时间下的原子坐标，速度和受力等。所含帧数频率由MDP文件控制，文件较大。

这些轨迹经常会生成的太JB大了，动不动1G以上，这些可能还算小的，所以有的时候，大家可以考虑一下啊体系要搞多大，输出的帧数要多大，后期熟悉了，考虑是否需要trr文件，这个玩意比xtc大到姥姥家了。

gromacs基本文件-数据库文件

aminoacids.dat：该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。如果计算过程要建立一个新的蛋白质或者核算残基，可以将新的残基名称加到该文件中，并增加文件第一个的整数即可。有时候可以将该文件拷贝到当前工作文件夹进行编辑，以不影响其他计算的命名（GMX的文件搜索总是从当前目录开始的）。

FF.dat：GMX默认力场列表，即pdb2gmx处理PDB文件时可以选择的立场列表。增加新的力场，可以编辑该文件，并修改文件第一行的整数，使其与力场种类数目一致。

specbond.dat：GMX处理特殊化学键的文件，特殊化学键包括二硫键，血红素铁原子于其他原子成键等。该文件第一行指明特殊键对的数目，第二行开始即为各个特殊键对的信息，其中第一列为键对第一个残基的名称，第二列为该残基成键原子的名称，第三列为该原子可以成键的数目，第四到第六列为成键另一个残基的信息，第七列为该化学键的平衡长度，此后两列为成键后残基的新名称。

vdwradii.dat：原子范德华半径数据库。使用genbox为系统添加水分子，或者使用genion为系统添加离子时，各个原子间的距离要大于两个原子范德华半径之和，否则为原子重叠。

gromacs基本文件-其他文件EDR文件模拟输出的系统能量文件（energy，.edr）。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。

XVG文件二维图标文件（.xvg）。二维画图工具xmgrace的默认文件，可以使用xmgrace打开。

EPS文件：封装文件格式（.eps），并不是GROMACS自身文件格式，可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序，WINDOWS要安装其他打开程序。GROMACS的DSSP等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。

M2P文件xpm2ps程序配置文件，定义输出eps文件中颜色，字体种类及大小等。

XPM文件数据矩阵文件（.xpm）。该文件矩阵中每个值即是矩阵点所表示的物理量大小（也可以是布尔值）。该文件其实就是二维图，可以失踪xpm2ps转换为图片。