对于使用我们服务器的用户，可以有两个conda环境，一个是系统管理员安装的，一次安装的软件所有用户都可以使用，但缺点是普通用户无法使用conda安装软件，这是因为权限的问题。而bioconda目前并不能像R语言一样，每个用户可以将安装包安装到自己的目录下。如果要自己安装软件，则需要在自己目录下安装biocodna。

如何切换bioconda

我们是推荐自己安装bioconda来管理软件，这样每个软件都可以自己来安装和升级，并且可以创建很多虚拟的环境。如果使用的软件并不多，可以使用管理员配置的bioconda。只需要修改下环境配置就可以了。

例如当前系统环境中有两个bioconda。

(base) wangtong 15:42:50 ~

$ which conda

/ifs1/Software/miniconda3/bin/conda

(base) wangtong 15:42:52 ~

$ ll

drwxr-xr-x. 16 wangtong bio 4.0K Aug 7 2020 miniconda3/

当前可以直接使用系统管理员安装的软件，但是无法利用conda安装软件。

(base) wangtong 15:44:38 ~

$ which bwa

/ifs1/Software/miniconda3/bin/bwa

(base) wangtong 15:45:39 ~

$ which gatk

/ifs1/Software/miniconda3/bin/gatk

(base) wangtong 15:45:49 ~

如果想切换到自己目录下的bioconda，需要修改~/.bashrc文件。将bioconda的信息写到文件中。之前只需要追加到PATH变量即可，不过目前bioconda的环境太复杂了，语句也多了。

# >>> conda initialize >>>

# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!

__conda_setup="$('/ifs1/Software/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

if [ $? -eq 0 ]; then

eval "$__conda_setup"

else

if [ -f "/ifs1/Software/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then

. "/ifs1/Software/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"

else

export PATH="/ifs1/Software/miniconda3/bin:$PATH"

fi

fi

unset __conda_setup

# <<< conda initialize <<<

如果要切换到自己安装的bioconda如何来操作呢。同理，只需要将自己的conda内容写入到配置文件中即可。其实主要就是目录部分。

# >>> conda initialize >>>

# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!

__conda_setup="$('/home/wangtong/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

if [ $? -eq 0 ]; then

eval "$__conda_setup"

else

if [ -f "/home/wangtong/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then

. "/home/wangtong/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"

else

export PATH="/home/wangtong/miniconda3/bin:$PATH"

fi

fi

unset __conda_setup

# <<< conda initialize <<<

这样来回切换确实很麻烦，那么有没有什么方便快捷的方法呢？没有。只能用一些稍微方便的办法。一种是使用自己的bioconda，如果要使用另外目录下的软件，每次都使用全路径。另外就是自己准备两个bashrc文件。需要哪个的时候将其修改为.bashrc。不要忘了，切换之后要source一下。

#切换到管理员的bioconda环境

(base) wangtong 15:49:06 ~

$ cp bashrc.root ~/.bashrc

(base) wangtong 15:49:06 ~

source ~/.bashrc

#切换为自己的bioconda环境

(base) wangtong 15:53:51 ~

$ cp bashrc.wt ~/.bashrc

(base) wangtong 15:49:06 ~

source ~/.bashrc