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当小白一次性安装5个R包后,头发秃了!看我是如何安装的(一)

云生信学生物信息学 182

前言:

现时看官们对“ubuntu16boost安装”大体比较注意,兄弟们都需要分析一些“ubuntu16boost安装”的相关知识。那么小编在网摘上汇集了一些有关“ubuntu16boost安装””的相关文章,希望各位老铁们能喜欢,姐妹们快快来学习一下吧!

尔云间 一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

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最近小果作为一名新手开始学习机器学习方面的知识,遇到了一些困难,掉了很多根头发

终于找到了解决办法,快来看看你有没有遇到这些问题吧!

本次学习主要是用到了survcomp,Hmisc,survival,survivalROC,CoxBoost这5个R包,小果本期主要分享Windows系统下如何顺利将其安装成功,希望大家能在安装这一步少走弯路,节约一些时间哦~在Ubuntu系统下的安装小果会分享在下期。

1. 如果你此前没有安装过其它相关的包,小果建议从安装survcomp包开始。

首先打开Rstudio,在终端输入以下代码:

 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("survcomp")

因为小果没有指定安装位置所以是默认路径,你也可以通过以下代码指定安装位置:

install.packages("package_name", lib="/path/to/custom/library")

(后文小果都是默认位置,就不再重复了)

等待片刻后,就安装好了。

你可以输入library(survcomp)来查看是否安装成功,如果已成功安装该包,则不会有错误消息,并且该包将被加载。如果未安装该包,则会收到错误。

继续安装Hmisc,survival,survivalROC这3个包,你可以一个一个的装也可以一次性装,代码如下,CoxBoost我们放在最后安装。

install.packages("Hmisc")install.packages("survival")install.packages("survivalROC")或者install.packages(c("Hmisc", "survival", "survivalROC"))

同样的,安装完成后可以查看是否成功。

1. 最后,安装CoxBoost,一个总是报错的包,让小果的头发少了一半。

在安装这个包之前要做两件事,如果你已经完成了可以直接开始。

① 安装devtools

install.packages("devtools")

② 安装Rtools

网址

打开网址下载对应版本即可,建议默认安装位置。

完成以上两项工作后就可以开始下载CoxBoost了

代码如下:

示例

library(devtools)install_github("binderh/CoxBoost")

至此5个包安装结束,检查一下:

终于成功了!希望小果能为你提供到帮助哦!

后记:

R包那么多,难道我要一个一个学吗!别担心,小果有上线云生信平台,只需注册账号就能满足你的多样分析需求!这只是冰山一角哦~

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标签: #ubuntu16boost安装