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生物信息学:信息时代带给生物医学的巨大推动力

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前言:

此时我们对“python生物信息学编程”都比较讲究,看官们都想要知道一些“python生物信息学编程”的相关文章。那么小编在网上收集了一些有关“python生物信息学编程””的相关资讯,希望小伙伴们能喜欢,各位老铁们一起来学习一下吧!

一、生物信息学

在第十四届国际生物信息学论坛(IBW 2019)上,哈佛大学教授刘小乐曾表示“如今,生物信息学正扮演着越来越重要的角色,它也是信息时代带给生物医学的巨大推动力。”

那么今天就来为大家分享一下美国东北大学的生物信息学专业。

二、课程培养目标/侧重点

东北大学生物信息学的侧重点向来是为了学生能够快速进入企业服务的,但是也有很多同学以此为跳板,申请PHD。

对于生物信息学专业和生物技术专业,学校的讲师都是波士顿本地在企业工作的人,所以核心专业课一般都是晚上上课。

核心专业课一共三门,生物信息学理论1、生物信息学理论2、生物信息学编程。除此之外还有一门统计课,一门文献阅读课,一门道德课是必修课。

在19年春季入学之前,东北的生物信息学是使用Perl的,目前已经全部换成了python。在行业里面,使用python是主流,但是很多年纪大的科学家还是会习惯使用perl,所以能看懂perl也是很重要的。

(一)核心专业课

Bioinformatics method 1生物信息学理论1

这门课主要编程入门基础,一开始是教你用terminal,server这些,写一些非常简单易懂的小程序。后半部分涉及到生物信息学非常常用的数据库,搜索引擎的使用。最后会有一个project,老师会给一个文章list,这些文章会涉及到生物信息学的数据库,或者各种各样的工具。要求3-5个同学一组,现场讲述其中一篇文章。以及这节课分为lecture和lab两部分,lecture就是老师讲课,lab一般就是office hour,但是要求必须出席。

Bioinformatics method 2 生物信息学理论2

这门课学长上的是网课,讲的基本上就是NGS的所有流程,每节课都是生物部分和代码部分相结合,非常详实。

bioinformatics programming 生物信息学编程

这门课主要是涉及很多软件,以及cs方面的知识。比如python的一些本质问题问题,引用,面对对象,基础算法问题。

这三门课放在一起说是因为这三门课是一系列连续的课程。这三门课必须是一个学期上一节,并且顺序不能颠倒,难度也是递增的。对于能力很强的同学,也有理论2和编程在一个学期上完的。

还需要提及的是,这三门课都有线下课和线上课,但是内容是不一样的,总体难度是线下>线上。老师实际采访过几个学生,大家的感受普遍是,这三门核心课如果全部弄明白真的有难度,但是想取得一个不错的分数,或者是只想完成作业,难度并不高。

(二)选修课

选修课其实学校给提供的种类也是挺多种多样的,生物类,生物信息类,数学类,计算机类,数据类都可以根据自己的兴趣或者规划进行选择。

需要提醒一点的是如果想选择cs学院的课程,需要找advisor帮助你开选课权限,并且是在cs学院的同学选完课之后才能选。

三、学校师生情况以及录取要求分析

(一)师生情况介绍

东北大学生物信息学专业的学制是32个学分,一般是需要3-5个学期完成。

一般一届学生人数是40-50左右,大概45%是中国人,45%是印度人,剩下的是别的国家的和美国人。90%的同学来上学之前都没有系统地学习过编程,也有很多已经在Boston工作的人来上课,但是他们大部分都会选择online课程。

学校的讲师也都是波士顿本地在企业工作的人,很有经验。

(二)录取要求

东北的录取截止时间是6.1,建议早一点申请比较好。项目内的中国同学有海本(布兰迪斯,麦吉尔,爱荷华州立,新加坡国立大学等等),陆本也以985为主(复旦,浙大,川大),大家的gpa相对来说比较一般,3.5以下的很多,但是还是要争取拿到较高的三维成绩,毕竟这也是提升自己竞争力的重要一环。

就读感受及建议

学长来美国读研究生,因为时间的关系压力是非常大的。如果在秋天入学,需要用一个学期左右的时间解决语言问题,第二个学期就要开始准备找暑期实习/co-op,第三个学期co-op,第四个学期就又要开始找全职工作了。

但是如果大家决定转phd的,那可能第一学期就要开始套磁找实验室做volunteer了。

所以,学长给的建议是,来上研究生之前,就应该建立好自己的目标,到底是来干什么的,有一个明确的目标,自己建立大的时间线,明确每一个小目标。

生物信息学下面也有很多细分的方向,在行业里面不同的岗位的基础要求也不尽相同,建议多看看linkedin里面的职位描述,研究一下除了学校里面学到的东西外,还有什么是应该网上修一个证书的,找工作能多在简历里面体现出来的,总之就是要有规划,并且充分利用好自己的时间,多提升自己。

这个就是学长自身就读的一个经验和建议,“时间紧任务重”,大家一定要有这个意识,规划好自己的学习和工作安排。

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