Apache软件基金会正式创建于1999年7月，它的创建者是一个自称为“Apache组织”的群体。这个“Apache组织”在1999年以前就已经存在很长时间了，这个组织的开发爱好者们聚集在一起，在美国伊利诺伊斯大学超级计算机应用程序国家中心（National Center for Supercomputing Applications，简称为NCSA）开发的NCSA HTTPd服务器的基础上开发与维护了一个叫Apache的HTTP服务器。

最初NCSA HTTPd服务器是由Rob McCool开发出来的，但是它的最初开发者们逐渐对这个软件失去了兴趣，并转移到了其他地方，造成了没有人来对这个服务器软件提供更多的技术支持。因为这个服务器的功能又如此强大，而代码可以自由下载修改与发布，当时这个服务器软件的一些爱好者与用户开始自发起来，互相交流并分发自己修正后的软件版本，并不断改善其功能。为了更好进行沟通，Brian Behlendorf自己建立了一个邮件列表，把它作为这个群体（或者社区）交流技术、维护软件的一个媒介，把代码重写与维护的工作有效组织起来。这些开发者们逐渐地把他们这个群体称为“Apache组织”，把这个经过不断修正并改善的服务器软件命名为Apache服务器（Apache Server）。

这个命名是根据北美当地的一支印第安部落而来，这支部落以高超的军事素养和超人的忍耐力著称，19世纪后半期对侵占他们领土的入侵者进行了反抗。为了对这支印第安部落表示敬仰之意，取该部落名称（Apache）作为服务器名。但一提到这个命名，这里还有流传着一段有意思的故事。因为这个服务器是在NCSA HTTPd服务器的基础之上，通过众人努力，不断地修正、打补丁（Patchy）的产物，被戏称为“A Patchy Server”（一个补丁服务器）。在这里，因为“A Patchy”与“Apache”是谐音，故最后正式命名为“Apache Server”。

后来由于商业需求的不断扩大，以Apache HTTP服务器为中心，启动了更多的与Apache项目并行的项目，比如mod perl、PHP、Java Apache等等。随着时间的推移、形势的变化，Apache软件基金会的项目列表也不断更新变化中——不断的有新项目启动，项目的中止以及项目的拆分与合并。比如一开始，Jakarta就是为了发展JAVA容器而启动的Java Apache项目，后来由于升阳公司（SUN）的建议，项目名称变为Jakarta。但当时该项目的管理者也没有想到Jakarta项目因为JAVA的火爆而发展到如今一个囊括了众多基于JAVA语言开源软件子项目的项目。以至后来，不得不把个别项目从Jakarta中独立出来，成为Apache软件基金会的顶级项目，Struts项目就是其中之一。

最近，为了避免SCO与UNIX开源社区之间的发生纠纷降临在Apache软件基金会（ASF）身上。Apache软件基金会（ASF）里面开始采取一些措施，让众多的项目进行更多协调的、结构化管理，并保护自己的合法利益，避免一些潜在的合乎法律的侵犯（potential legal attacks）。