SQL Server和MySQL都是广泛使用的关系型数据库管理系统（RDBMS），但它们之间在多个方面存在显著的区别。

由Microsoft公司开发，是一款商业软件，需要购买许可证才能使用。

最初由瑞典MySQL AB公司开发（现已被Oracle公司收购），是一款开源的RDBMS，可以免费下载和使用。

主要面向Windows操作系统，尽管它也支持Linux和Docker容器。

MySQL，支持多种操作系统，包括Linux、Windows、macOS等，这使得MySQL在跨平台应用上具有更大的灵活性。

SQL Server，由于是商业软件，需要购买许可证，成本相对较高。

MySQL，开源免费，降低了总体拥有成本，特别适合成本敏感型项目。

SQL Server，在处理大型数据库时表现出色，适用于大型企业级应用程序，提供了高级的可伸缩性和容错性。SQL Server支持并行查询，允许同时执行多个查询，且其内存管理（如Buffer Pool）也很出色。

MySQL，适用于中低规模的应用程序，特别适合于Web应用和小型企业使用。MySQL的InnoDB存储引擎专为处理大量读写操作进行了优化，具有较高的并发性，并且支持水平扩展，适用于处理大数据和高并发的应用场景。

SQL Server提供了丰富的安全功能，包括身份验证、访问控制和数据加密等，如透明数据加密（TDE）和数据遮蔽（Data Masking），以保护数据库中的数据。

MySQL也提供了安全性，如用户权限管理、加密传输等，但相对于SQL Server，其安全功能可能较少。

数据类型，两者支持的数据类型有所不同。例如，MySQL支持ENUM和SET类型，而SQL Server则支持datetime2和datetimeoffset类型。

MySQL和SQL Server在语法上存在一些差异，如字符串操作、存储过程、视图、自增长列和表连接等方面的语法规则不同。

MySQL由于其开源、免费、易安装和部署的特点，以及在Web开发中的广泛应用，MySQL成为了许多Web应用开发的首选数据库之一。同时，它也适用于大数据处理、云计算和互联网基础设施、嵌入式系统等场景。

SQL Server由于其强大的企业级数据库管理功能，如高可用性、数据安全性、备份和恢复等，SQL Server适用于企业级应用场景，如金融、物流、制造等。此外，它还支持大型数据仓库和分析，以及与.NET平台的紧密集成，适合于使用.NET框架的应用开发。

SQL Server和MySQL在开发商、开源性质、操作系统支持、许可与成本、性能与扩展性、安全功能、数据类型与语法以及应用场景等方面存在显著差异。选择哪种数据库系统取决于具体的业务需求、预算和技术栈等因素。