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Imagej平均荧光强度,荧光面积分析

上善若水9r8m 66

前言:

现在各位老铁们对“imagej如何选定区域分析荧光强度”大约比较珍视,你们都需要学习一些“imagej如何选定区域分析荧光强度”的相关知识。那么小编在网上搜集了一些关于“imagej如何选定区域分析荧光强度””的相关知识,希望我们能喜欢,同学们一起来学习一下吧!

哈喽大家好,我是瑞瑞大大。今天就给大家分享一下如何去测量某一个信号的荧光强度。

1. 首先还是先打开数据,数据打开之后也是要看一下数据的具体的情况。可以看到现在这个数据是有四个通道,所以如果要测量荧光强度,首先是需要把它给拆分成单个通道。在 image 下面 color 里面有 split channels,拆开,现在已经拆分成四个通道了。这个时候去看看具体需要去测哪一个通道的荧光强度。

2. 比如现在要测绿色通道的荧光强度,首先需要做一个阈值的选择,在 image-adjust 下面有个 threshold,在这里可以去选择相应的阈值。注意这里是荧光数据,所以要把 dark background 勾上。这里是有很多不同的阈值的算法,可以去看一看哪种算法选出来的阈值最合适。

3. 如果不太确定,其实可以在 image-adjust-auto threshold,在这边可以让它把所有的 method 都去测试一下,看看哪种识别出来的 threshold 最好,这里再点一下,现在它就开始自己在计算。

4. 计算完之后可以看到现在的这张图里面不同的算法所选择出来的 threshold 都出来了,这个时候要根据原图去进行比较,看看哪种选择的最合适。这里还可以再调一下它的亮度、对比度,让它显示亮一点。

5. 这时候发现好像这个算法选的最准确,就可以放大看一下这个算法是什么,是 Li 的算法。这个时候就可以去在阈值选择里面去选择 Li。选择之后可以在这里去拖动,调节阈值框选的范围,让它尽量的框选准确一点。如果看不太清,还是把图,图像本身的亮度调的更亮一点。

6. 现在再来调节阈值,让它所选的都选上。这边我感觉它大概都选上了,这个时候就可以去测量了。测量之前要先确认测量的参数是对的,所以在 analyze 下面有一个 set measurement。

7. 点击之后来看一下测量的框。首先就是如果需要把面积测上就把面积勾上,这里是一个平均的荧光亮度(强度),这里是一个总的荧光亮度(强度)。所以如果需要求它的平均荧光强度和总的荧光强度就把这两个勾上。

8. 注意这里一定要把 limit to threshold 勾上,这个勾上就代表测的是当前所选中的目标物的整个的荧光强度。如果不勾,现在求的是一整个图片的荧光强度。所以这个要看是求一整个图片的还是求选中的地方的荧光强度。

9. 设好了之后点 OK,现在就要进行测量。测量在 analyze-measure 里面,点击之后就会出现刚刚选择的面积、平均荧光强度、总的荧光强度。

10. 这边数据如果要保存可以这样复制之后直接粘到 Excel 里面,也可以在 file-save as 成相应的 CSV 的文件。

11. 现在保存好之后双击打开就可以看到存储的具体的数据的情况,从这边就可以看到。

今天的分享就到这里。

标签: #imagej如何选定区域分析荧光强度