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关联分析(association analysis)，又称作连锁不平衡作图(linkage disequilibrium mapping)或关联作图(association mapping)是一种以连锁不平衡(linkage disequilibrium，LD)为基础，鉴定某一群体内目标性状与遗传标记或候选基因关联性的分析方法。LD是指不同基因座位上等位基因间的非随机关联，通常用D’(standardized disequlilibrium coefficients)或r2(squared allele-frequency correlation)来度量。D’和r2的取值范围均是从0（遗传平衡）到1（完全连锁）。其中，D’主要反映重组率的影响，而r2同时兼顾了突变率和重组率的影响。因此，在关联作图中一般采用r2来衡量LD水平。通常以LD衰减距离来衡量某个群体内的LD程度。LD衰减距离是指以某个标记为原点，其它标记与其LD程度小于某一值时的平均距离。LD衰减的快慢决定着关联分析中所需的分子标记数目。LD衰减越快则标记需要越多，目的基因定位也相对准确；LD衰减越慢则需要的标记则越少，但由于标记和目标基因在物理距离较远的情况下也会出现较高的LD，因此其定位精度相对较低。