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老司机带你解锁ImageJ三维图像分析

解螺旋 643

前言:

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二维图像分析技能已经Get了,那么三维图像分析呢?

ImageJ()是美国National Institutes of Health(NIH)开发的基于Java的免费公共图像处理软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

ImageJ/Fiji是已捆绑了许多常用插件的ImageJ,其下载链接为:,可根据操作系统自行选择:

今天给大家分享使用ImageJ/Fiji进行三维图像分析!

1

Stack图像介绍

ImageJ可在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像,这些图像集称为图像栈(Stack),组成Stack的图像称为Slice。Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。Hyperstacks具有四个以上维度,例如X(长),Y(宽),Z(片),C(通道)和T(时间帧)。

2

ImageJ三维可视化

ImageJ可对Stack图像进行重建来构建三维立体模型,在医学图像中可以将CT层扫图片重建为三维立体模型。共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获得三维图片。

步骤:

1、ImageJ打开Stack图片pollen60xPCO512.seq,2维图像(XY视图)窗口如左侧窗口(640x 480pixels),当前Slice为99张图片的第46张,图片属性(Image -> Properties)如右图所示:

2、ImageJ软件内嵌有3D查看器,Plugins-> 3D Viewer -> Display as Volume,即可得到Stack图片的三维效果图:

3、ImageJ 3D Viewer -> View ->Start animation,可得到旋转的动态三维图:

4、三维切割,Stack图像显示为三维模型后可从不同方向(XY、XZ、YZ方向)进行切割以展示三维图像内部情况。展示各横断面可为定性、定量研究和分析内部结构提供有力支持。

ImageJ 3D Viewer下Edit -> Display as -> Orthoslice

如何调整三维切割的方向?

选中三维视图,鼠标右击选择Adjust slices,可调整XY、XZ、YZ视图切割方向:

3

ImageJ计算三维图像体积

以ImageJ示例图片bat-cochlea-volume.tif图像与其3D模型分别如下:

Analyze -> 3D Objects Counter进入三维体积计算界面,Threshold调节阈值选中不同Slice中的目标,红色代表选中。Slice代表当前切片,Size filter根据最大值与最小值筛选目标:

可得到上述三维物体的体积(Volume,pixel^3)、表面积(Surface)、Nb of obj. voxels与Nb of surf. Voxels等:

4

ImageJ三维图像计数

二维图像的计数我们很熟悉,那么三维图像如何计数?

以三维图像中的立体体为例给大家分享三维图像计数:

3D Objects Counter可进行三维计数:

结果显示,在三维空间中存在29个立方体:

还可得到这29个物体的体积与表面积等数据:

5

ImageJ分析三维神经元复杂性

Sholl Analysis可分析神经元的复杂性,那么什么是Sholl Analysis?

以神经元胞体为圆心(不包括胞体)开始画一系列同心圆,得到随距离从StartingRadius到Ending Radius同心圆与神经元突起交点个数的变化,以此来反映神经元的复杂性:

以Stack椎体神经元为例进行3D ShollAnalysis:

步骤:

1、ImageJ打开椎体神经元,Plugins -> Segmention -> SimpleNeurite Tracer

鼠标调整显示的Slice,追踪3D 突起轨迹,点击起点,调整Slice点击终点软件即可自动追踪:

All paths可得到追踪到的Path及长度(69.6851 microns):

同样的方法追踪其他突起:

2、在Tracing界面Analysis -> Sholl Analysis可得到Sholl Analysis步骤:

按照上图Sholl Analysis步骤进入Sholl Analysis界面,点击AnalyzeProfile:

3D Sholl Analysis横坐标为3D distance(micron),纵坐标为交点数。List可以导出数据使用其他绘图软件绘图:

拓展:

Sholl Analysis插件只能分析神经元吗?

Sholl Analysis插件可以分析任何类似有胞体和突起的细胞的分支的复杂性,例如星形胶质细胞和小胶质细胞等。以小胶质细胞为例,步骤相同,效果如下:

今天给大家分享ImageJ三维图像分析就到此为止,希望对大家有所帮助!

—END—

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